実施中の不正と判定されるのか否か、事前に知らなかった、それでも不正扱いになりますか？

はい、不正扱いとなり検査中に不正行為があったと受検企業ならびに検査実施元に報告されます。
不正行為、禁止事項については、受検企業から連絡された実施案内画面の「３．禁止事項、注意事項の確認」を確認してください。